Organizacja ta powstała, gdy Orochimaru chciał przejąć Sasuke jako swój nowy kontener, wtedy młody Uchiha bez problemu pokonuje swojego nauczyciela i wchłania Białego Węża. Zaraz po tym wyrusza na poszukiwanie członków nowej organizacji którą nazwał Hebi czyli inaczej wąż. Organizacja ta ma tylko jedno na celu – Uchiha Itachi. Winny jest on wybicia całego klanu Uchiha, oprócz młodszego brata Sasuke, który zaprzysiągł mu zemstę. Tak więc organizacja tam powstała, aby zemścić się na Itachim.

Pierwszym członkiem, którego wybrał Sasuke był Suigetsu. Po uwolnieniu jego z więzienia, wyruszają do kraju fal, ponieważ Suigetsu chce zdobyć katanę, którą niegdyś posiadał Demon Ukrytej Mgły – Zabuza. Poszukując dalszych członków organizacji, ta dwójka wyrusza do południowej bazy Orochimaru i tam uwalniają więźniów, wraz z dziewczyną o imieniu Karin, którą staję się kolejnym członkiem organizacji. Karin opowiada o Juugo, który znajduję się w północnej bazie Orochimaru i tam się następnie udają. Wewnątrz bazy napotykają nikłe problemy, które Sasuke bez problemu rozwiązuje, także po uwolnieniu Juugo pojawia się problem, ponieważ nie chce on dołączyć do organizacji. Jednak po krótkiej namowie Sasuke udaje mu się go przekonać. Juugo dołącza do organizacji i jest to ostatni członek. Po zebraniu członków organizacji, zespół się rozdziela w poszukiwaniu informacji na temat kryjówek Akatsuki, a w szczególności pobytu Itachiego. Niestety na drodze Sasuke staje Deidara i Tobi. Rozgrywa się długa i męczące walka, która kończy się samozniszczeniem Deidary. Sasuke ciężko ranny, ratuje się przywołaniem Mandy i przeniesieniem w inne miejsce, za pomocą jutsu przeniesienia. Dochodzi do siebie dopiero w kryjówce, lecz jego odpoczynek nie trwał za długo. Karin odkryła, że byli śledzeni i muszą uciekać. Kierują się do bazy Akatsuki, gdzie Sasuke samotnie wchodzi. Znajduje tam Itachiego, lecz niestety to był tylko klon. Jego wycieczka nie poszła na marne, ponieważ klon powiedział mu, żeby szedł do kryjówki Uchiha, a tam wszystko zakończą.